เมื่อวันที่ 5 สิงหาคม 2563 คนไทยที่ตกค้างในญี่ปุ่น เดินทางกลับประเทศไทยโดยสายการบิน Japan Airlines เที่ยวบินที่ JL031 ออกเดินทางจากท่าอากาศยานฮาเนดะ ถึงประเทศไทยเวลา 15.40 น.

เที่ยวบินดังกล่าวได้รับอนุญาตให้ทำการบินรับส่งบุคคลกลับประเทศไทยตามประกาศของสำนักงานการบินพลเรือนแห่งประเทศไทย โดยสถานเอกอัครราชทูต ณ กรุงโตเกียวประสานงานขอความร่วมมือจากสายการบินและขออนุมัติจากส่วนราชการที่เกี่ยวข้องของประเทศไทย โดยมีจำนวนผู้โดยสารตามที่ได้รับการจัดสรรตามศักยภาพที่ประเทศไทยสามารถรองรับผู้ที่เดินทางกลับจากต่างประเทศทั่วโลกต่อวัน

ผู้โดยสารคนไทยในเที่ยวบินข้างต้นเป็นผู้ที่ลงทะเบียนในแบบฟอร์มแจ้งความประสงค์ขอเดินทางกลับไทยจากประเทศญี่ปุ่นโดยเร่งด่วน กับสถานเอกอัครราชทูตฯ และรับทราบเกี่ยวกับมาตรการกักตัว 14 วัน หลังจากที่เดินทางถึงประเทศไทย โดยสถานเอกอัครราชทูตฯ ได้ประสานงานกับหน่วยงานที่เกี่ยวข้องของไทยในการจัดเตรียมสถานที่ในการกักตัวด้วยแล้ว